Sekvenování celého genomu
Všechny organismy (bakterie, zelenina, savec) mají jedinečný genetický kód nebo genom, který se skládá z nukleotidových bází (A, T, C a G). Pokud známe sekvenci bází v organismu, identifikovali jsme jeho jedinečný otisk DNA neboli vzor. Určení pořadí bází se nazývá sekvenování. Sekvenování celého genomu je laboratorní postup, který určuje pořadí bází v genomu organismu v jednom procesu.
Jak funguje sekvenování celého genomu?
Při sekvenování celého genomu se postupuje podle těchto čtyř hlavních kroků:
- Stříhání DNA : Nejdříve se pomocí molekulárních nůžek rozstříhá DNA, která se skládá z milionů bází (A, C, T a G), na kousky, které jsou dostatečně malé, aby je sekvenační stroj mohl přečíst.
- Čárové kódy DNA : Každý kousek DNA dostane značku nebo čárový kód, aby se později dalo identifikovat, který kousek odstřižené DNA patří které bakterií. Je to podobné, jako když čárový kód identifikuje produkt v obchodě s potravinami.
- Sekvenování DNA : Vzorky DNA z více bakterií označené čárovým kódem se vloží do sekvenátoru DNA. Sekvenátor identifikuje A, C, T a G nebo báze, které tvoří každou bakteriální sekvenci. Sekvenátor používá čárový kód ke sledování toho, které vzorky patří ke kterým bakteriím.
- Analýza dat : K porovnání sekvencí z více bakterií a identifikaci rozdílů se používají nástroje počítačové analýzy. Počet rozdílů může říci, jak blízce příbuzné bakterie jsou a jak je pravděpodobné, že jsou součástí stejného ohniska.
Zdroj: článek Jak se čte genom?
Schistosomóza
Schistosomóza je onemocnění způsobené motolicemi rodu Schistosoma (krevnička). Nemoc je rozšířena v tropických a subtropických oblastech Afriky, Asie a Ameriky. Nakaženo je v současnosti 200 milionů lidí a asi 600 milionů jich žije v oblastech rizik nákazy. Většina těchto infekcí je způsobena třemi druhy: Schistosoma haematobium (krevnička močová), Schistosoma mansoni (krevnička střevní) a Schistosoma japonicum (krevnička jaterní). Vývojový cyklus schistosom začíná tím, že vajíčko s miracidiem opouští tělo svého hostitele se stolicí. Ve vodě se líhne miracidium, které proniká do plže. Plže pak opouštějí stadia zvaná cerkarie, která pronikají do kůže člověka a do krevního řečiště. Člověk se může nakazit jakýmkoliv kontaktem s vodou, například při koupání v endemických oblastech. Cerkarie po průniku do organismu ztrácí ocásek a vzniká schistozomula. Další vývoj již probíhá v cévním systému. Onemocnění se projevuje kašlem, bolestmi břicha a průjmem. Postižení orgánů závisí na druhu schistosomy. V případě S. haematobium dochází k zánětům močového měchýře, selhání ledvin a vzniku nádorů močového měchýře. S. mansoni způsobuje střevní potíže. Kromě střev jsou zasažena i játra a může dojít k jejich nadměrnému zvětšení – hepatomegalu, někdy spojenému se zvětšenou slezinou – hepatosplenomegalií. Hlavním místem výskytu dospělých jedinců motolice S. japonicum je žilní síť jater. Kromě rozsáhlého poškození jater a sleziny bývají zasaženy i plíce a střevo. Závažné komplikace nastávají, když jsou vajíčka zanesena do mozku. Tyto případy bývají většinou letální. Na našem území se lze setkat s některými druhy schistosom parazitujících na ptácích. Do kůže člověka mohou pronikat při kontaktu s kontaminovanou vodou v přírodních nádržích a způsobovat kožní alergickou reakci. Tento parazit však není v hostiteli, kterého představuje savec, schopen dokončit svůj vývoj a v kůži hyne.
Zdroj: článek Odčervení lidí
