Sekvenování celého genomu
Všechny organismy (bakterie, zelenina, savec) mají jedinečný genetický kód nebo genom, který se skládá z nukleotidových bází (A, T, C a G). Pokud známe sekvenci bází v organismu, identifikovali jsme jeho jedinečný otisk DNA neboli vzor. Určení pořadí bází se nazývá sekvenování. Sekvenování celého genomu je laboratorní postup, který určuje pořadí bází v genomu organismu v jednom procesu.
Jak funguje sekvenování celého genomu?
Při sekvenování celého genomu se postupuje podle těchto čtyř hlavních kroků:
- Stříhání DNA : Nejdříve se pomocí molekulárních nůžek rozstříhá DNA, která se skládá z milionů bází (A, C, T a G), na kousky, které jsou dostatečně malé, aby je sekvenační stroj mohl přečíst.
- Čárové kódy DNA : Každý kousek DNA dostane značku nebo čárový kód, aby se později dalo identifikovat, který kousek odstřižené DNA patří které bakterií. Je to podobné, jako když čárový kód identifikuje produkt v obchodě s potravinami.
- Sekvenování DNA : Vzorky DNA z více bakterií označené čárovým kódem se vloží do sekvenátoru DNA. Sekvenátor identifikuje A, C, T a G nebo báze, které tvoří každou bakteriální sekvenci. Sekvenátor používá čárový kód ke sledování toho, které vzorky patří ke kterým bakteriím.
- Analýza dat : K porovnání sekvencí z více bakterií a identifikaci rozdílů se používají nástroje počítačové analýzy. Počet rozdílů může říci, jak blízce příbuzné bakterie jsou a jak je pravděpodobné, že jsou součástí stejného ohniska.
Zdroj: článek Jak se čte genom?